性能指標
- 測序讀長：平均讀長 3-12 Kb，最長可達30Kb；
- 一致性準確率：一致性準確率可達 99.99%；
- GC含量檢測能力：無需PCR擴增，適合GC含量基因組；
- 堿基修飾：可直接讀取，并可以檢測未知堿基修飾及DNA損傷類型；
- 有效數(shù)據(jù)產(chǎn)量/Cell：0.5-1.2G/Cell；
- 輸出數(shù)據(jù)格式和數(shù)據(jù)兼容性：數(shù)據(jù)格式和二代兼容；
- 軟件：smrt analysis提供二級數(shù)據(jù)分析。
主要應用
- 未知物種全基因組從頭測序；
- 已測序物種的基因組重新測序；
- 特定目標區(qū)域深度測序；
- 微生物多樣性分析（全長16S rRNA 測序）；
- 無需拼接的轉錄組測序；
- 甲基化修飾等表觀遺傳學研究；
- 多重PCR擴增片段測序。
樣品要求
- 基因組或PCR產(chǎn)物：雙鏈DNA，未曾反復凍融，未曾暴露在高溫環(huán)境（>65C）和PH環(huán)境（< 6或> 9）；
- 未經(jīng)熒光染色或紫外照射（避免EB染色）；
- 不包含變性劑（如guanidinium salts 或 phenol）和洗滌劑（如SDS或Triton-X100）；
- 不包含不溶解的物質；
- 不包含蛋白、RNA、糖類等污染；
- 不包含來自原始樣本的污染物（如heme, humic acid, polypheno等)；
- OD260/OD280范圍在1.8 - 2.0，OD260/OD230 約為2.0；
- 基因組DNA總量>5ug，濃度>50ng/ul；PCR產(chǎn)物總量>500ng；
- 制備好的文庫：2100檢測圖譜和Qubit濃度定量結果；
- 損傷較嚴重樣品需提前說明，并與儀器操作人員聯(lián)系；
- 病毒、致病微生物等危險性樣本恕不接收。
儀器說明
- PacBio RS II測序系統(tǒng)，是基于單分子實時（Single Molecule Real Time, SMRT）DNA測序技術和納米微孔應用的第三代測序平臺。
- 它能帶來測序行業(yè)的一致準確性和最長的讀長，讓科學家能夠快速經(jīng)濟地完成基因組組裝，揭示并了解表觀基因組，以及鑒定基因組變異，是基因組從頭測序和全長轉錄組測序的。
- 上海交通大學2015年引進了華東地區(qū)第二臺PacBio RS II第三代測序儀，力爭提供更全面的基因組測序服務，助力基因組學研究。
- 該儀器由分析測試中心生命科學室管理運行。
