微生物染色的基本原理：是借助物理因素和化學因素的作用而進行的。物理因素如細胞及細胞物質(zhì)對染料的毛細現(xiàn)象、滲透、吸附作用等?；瘜W因素則是根據(jù)細胞物質(zhì)和染料的不同性質(zhì)而發(fā)生地各種化學反應。酸性物質(zhì)對于堿性染料較易吸附，且吸附作用穩(wěn)固；同樣，堿性物質(zhì)對酸性染料較易于吸附。如酸性物質(zhì)細胞核對于堿性染料就有化學親和力，易于吸附。但是，要使酸性物質(zhì)染上酸性材料，必須把它們的物理形式加以改變（如改變pH值），才利于吸附作用的發(fā)生。相反，堿性物質(zhì)（如細胞質(zhì)）通常僅能染上酸性染料，若把它們變?yōu)檫m宜的物理形式，也同樣能與堿性染料發(fā)生吸附作用。

    影響染色的其它因素，還有菌體細胞的構(gòu)造和其外膜的通透性，如細胞膜的通透性、膜孔的大小和細胞結(jié)構(gòu)完整與否，在染色上都起一定作用。此外，培養(yǎng)基的組成、菌令、染色液中的電介質(zhì)含量和pH、溫度、藥物的作用等，也都能影響細菌的染色。

    染料的種類：染料可按其電離后染料離子所帶電荷的性質(zhì)，分為酸性染料、堿性染料和中性（復合）染料三大類。

    1、酸性染料：這類染料電離后染料離子帶負電，如伊紅、剛果紅、藻紅、苦味酸和酸性復紅等，可與堿性物質(zhì)結(jié)合成鹽。當培養(yǎng)基因糖類分解產(chǎn)酸使pH值下降時，細菌所帶的正電荷增加，這時選擇酸性染料，易被染色。

    2、堿性染料：這類染料電離后染料離子帶正電，可與酸性物質(zhì)結(jié)合成鹽。微生物實驗室一般常用的堿性染料有美蘭、甲基紫、結(jié)晶紫、堿性復紅、中性紅、孔雀綠和蕃紅等，在一般的情況下，細菌易被堿性染料染色。

    3、中性（復合）染料：酸性染料與堿性染料的結(jié)合物叫做中性（復合）染料，如瑞脫氏（Wright）染料和基姆薩氏（Gimsa）染料等，后者常用于細胞核的染色。