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來(lái)自深圳華大基因研究院，中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所、中國(guó)科學(xué)院動(dòng)物研究所、成都大熊貓繁育研究基地和中國(guó)保護(hù)大熊貓研究中心的研究人員近期公布，大熊貓基因組測(cè)序研究項(xiàng)目完成，并繪制出大熊貓基因組精細(xì)圖。這是中國(guó)科學(xué)家*次全面系統(tǒng)地對(duì)大熊貓基因組進(jìn)行測(cè)序研究。
昨日Nature的頭條報(bào)道了這一研究成果，這是繼*個(gè)黃種人基因組后的又一生命科學(xué)的里程碑式貢獻(xiàn)，也是科學(xué)家*次全面掌握大熊貓的基因資源，對(duì)其在分子水平上的保護(hù)具有重要意義。該研究的基因組樣品是取自北京奧運(yùn)會(huì)的吉祥物動(dòng)物“晶晶”。
這一研究工作是*個(gè)使用新一代合成法測(cè)序技術(shù)完成的基因組序列圖，全部組裝和分析軟件都是深圳華大基因研究院自主編寫的。該成果證明了短序列也能組裝成完整基因組，并將成為基因組繪圖的標(biāo)準(zhǔn)。新的測(cè)序技術(shù)使得成本降低了幾個(gè)數(shù)量級(jí)，時(shí)間也縮短了幾倍，極大加速了解碼生命的進(jìn)程。
此項(xiàng)目自2008年3月啟動(dòng)，已經(jīng)完成了大熊貓“晶晶”基因組精細(xì)圖的測(cè)序和組裝工作。大熊貓有染色體21對(duì)，基因組大小2.4G，重復(fù)序列含量36%，基因2萬(wàn)多個(gè)。經(jīng)過(guò)二倍體測(cè)序，證明大熊貓基因組仍然具備很高的雜合率，從而推斷具有較高的遺傳多態(tài)性，不會(huì)瀕于滅絕。經(jīng)過(guò)對(duì)同源基因的分析發(fā)現(xiàn)，大熊貓不喜歡吃肉主要是因?yàn)橐粋€(gè)基因T1R1失活了，無(wú)法感覺(jué)到肉的鮮味，但是大熊貓本身沒(méi)有能夠消化竹子纖維的基因，消化竹子纖維則主要靠胃腸道細(xì)菌群。在已經(jīng)進(jìn)行全基因組測(cè)序的物種中，大熊貓基因組與狗的基因組zui接近；數(shù)據(jù)分析結(jié)果同時(shí)還進(jìn)一步支持了大多數(shù)科學(xué)家所持的“大熊貓是熊科的一個(gè)亞種”的觀點(diǎn)，證明了熊科內(nèi)部各類群的分類情況。
大熊貓基因組精細(xì)圖這一研究成果，*大熊貓基因組及分子生物學(xué)研究的空白，將從基因組學(xué)的層面上為大熊貓的保護(hù)、疾病監(jiān)控及其人工繁殖提供科學(xué)依據(jù)。這是中國(guó)科學(xué)家的又一基因組研究成果，去年深圳華大基因研究院，北京大學(xué)，中科院北京基因組研究所等發(fā)布了*張亞洲漢族個(gè)體的個(gè)人基因組，成果公布在Nature雜志上。同樣研究人員以大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)（massively parallel signature sequencing，MPSS）為基礎(chǔ)對(duì)整個(gè)基因組進(jìn)行測(cè)序，測(cè)序量達(dá)到36倍覆蓋率，并且比對(duì)了NCBI人類相關(guān)基因組，短閱讀序列達(dá)到99.97％覆蓋率，而且根據(jù)參考的基因組，研究人員利用*的mapped reads獲得了一個(gè)92％亞洲個(gè)體基因組的高質(zhì)量序列集合。同時(shí)研究人員從中識(shí)別出了大約300萬(wàn)個(gè)SNPs，其中13.6％在dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有出現(xiàn)過(guò)，基因型分析證明這些SNP具有高性和一致性。
本文由/編輯
昨日Nature的頭條報(bào)道了這一研究成果，這是繼*個(gè)黃種人基因組后的又一生命科學(xué)的里程碑式貢獻(xiàn)，也是科學(xué)家*次全面掌握大熊貓的基因資源，對(duì)其在分子水平上的保護(hù)具有重要意義。該研究的基因組樣品是取自北京奧運(yùn)會(huì)的吉祥物動(dòng)物“晶晶”。
這一研究工作是*個(gè)使用新一代合成法測(cè)序技術(shù)完成的基因組序列圖，全部組裝和分析軟件都是深圳華大基因研究院自主編寫的。該成果證明了短序列也能組裝成完整基因組，并將成為基因組繪圖的標(biāo)準(zhǔn)。新的測(cè)序技術(shù)使得成本降低了幾個(gè)數(shù)量級(jí)，時(shí)間也縮短了幾倍，極大加速了解碼生命的進(jìn)程。
此項(xiàng)目自2008年3月啟動(dòng)，已經(jīng)完成了大熊貓“晶晶”基因組精細(xì)圖的測(cè)序和組裝工作。大熊貓有染色體21對(duì)，基因組大小2.4G，重復(fù)序列含量36%，基因2萬(wàn)多個(gè)。經(jīng)過(guò)二倍體測(cè)序，證明大熊貓基因組仍然具備很高的雜合率，從而推斷具有較高的遺傳多態(tài)性，不會(huì)瀕于滅絕。經(jīng)過(guò)對(duì)同源基因的分析發(fā)現(xiàn)，大熊貓不喜歡吃肉主要是因?yàn)橐粋€(gè)基因T1R1失活了，無(wú)法感覺(jué)到肉的鮮味，但是大熊貓本身沒(méi)有能夠消化竹子纖維的基因，消化竹子纖維則主要靠胃腸道細(xì)菌群。在已經(jīng)進(jìn)行全基因組測(cè)序的物種中，大熊貓基因組與狗的基因組zui接近；數(shù)據(jù)分析結(jié)果同時(shí)還進(jìn)一步支持了大多數(shù)科學(xué)家所持的“大熊貓是熊科的一個(gè)亞種”的觀點(diǎn)，證明了熊科內(nèi)部各類群的分類情況。
大熊貓基因組精細(xì)圖這一研究成果，*大熊貓基因組及分子生物學(xué)研究的空白，將從基因組學(xué)的層面上為大熊貓的保護(hù)、疾病監(jiān)控及其人工繁殖提供科學(xué)依據(jù)。這是中國(guó)科學(xué)家的又一基因組研究成果，去年深圳華大基因研究院，北京大學(xué)，中科院北京基因組研究所等發(fā)布了*張亞洲漢族個(gè)體的個(gè)人基因組，成果公布在Nature雜志上。同樣研究人員以大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)（massively parallel signature sequencing，MPSS）為基礎(chǔ)對(duì)整個(gè)基因組進(jìn)行測(cè)序，測(cè)序量達(dá)到36倍覆蓋率，并且比對(duì)了NCBI人類相關(guān)基因組，短閱讀序列達(dá)到99.97％覆蓋率，而且根據(jù)參考的基因組，研究人員利用*的mapped reads獲得了一個(gè)92％亞洲個(gè)體基因組的高質(zhì)量序列集合。同時(shí)研究人員從中識(shí)別出了大約300萬(wàn)個(gè)SNPs，其中13.6％在dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有出現(xiàn)過(guò)，基因型分析證明這些SNP具有高性和一致性。
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