基體干擾是地質(zhì)樣品測試中的重要研究內(nèi)容，原子熒光光譜法的干擾主要來源于共存的過渡金屬、貴金屬以及能夠同時形成化學(xué)蒸氣的元素。
"堿性模式"是將堿性溶液直接氫化反應(yīng)，能更大程度消除過渡金屬和貴金屬的干擾，采用堿性模式測定地質(zhì)樣品中的Ge、鐵礦石中的As和多金屬礦中的Bi，效果良好。對于金屬礦，采用分離富集方法消除大量基體干擾效果：用巰基葡聚糖凝膠分離富集地球化學(xué)樣品中的銻，6．0mol/L鹽酸洗脫，方法檢出限為0．25μg/L；巰基棉也常用于分離富集鐵礦石中的Cd和地質(zhì)樣品中的Se；在氨水存在下，以Fe3+作共沉淀劑分離銅后，可以測定銅礦中的As、Sb、Bi；竹炭也是很好的富集材料，利用竹炭的微孔結(jié)構(gòu)和吸附特性，可以有效地吸附Bi［CS（NH2）2］3+3，稀硝酸（2．5mol/L）洗脫后直接測定Bi。
加入干擾抑制劑，也能消除部分基體的干擾，用Fe3+鹽和1，10－二氮雜菲抑制銅干擾，直接測定銅礦中微量Se和Te；通過加入酒石酸抑制基體銻的水解，在不同酸度介質(zhì)中連續(xù)測定銻精礦中的痕量As、Hg、Se、Bi和Sn；硫酸－硫酸銨分解樣品，用檸檬酸在氨性介質(zhì)中絡(luò)合鎢、鐵、錳，測定鎢精礦中的Sb；用L－半能有效地抑制Cr6+、Se4+、Te4+、Pd2+、Cu2+、Ni2+等元素對測定Ge的干擾，同時還能提高Ge的靈敏度。其他消除基體干擾的方法還有主量元素基體匹配法。
原子熒光光譜儀測定地質(zhì)樣品中Sn、Cd、Te、Pb等元素，受基體影響大，方法不夠成熟，尚處于研究中。測定鐵礦石中微量Sn，以KOH熔礦，硫酸酸化樣品，檢出限為0．10μg/L。陳志兵等則用Fe（OH）3共沉淀分離除去大部分Cu、Pb、Zn等干擾組分，含Sn的沉淀經(jīng)堿熔，水提取，加入酒石酸－硫脲－抗壞血酸為掩蔽劑，測定多金屬礦中的Sn。用鎘信號增強(qiáng)劑測定土壤樣品中的Cd，共存元素的干擾問題沒有能夠很好地解決。直接測定地球化學(xué)樣品中痕量Te時，用Fe3+作減緩劑，較高濃度硫酸的存在對測定Te有利。采用流動注射法以及草酸、氨磺酸銨、硫氫化鈉為掩敝劑法，測定土壤中的Pb也有報道。
