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上海酶聯(lián)生物研究所
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上海酶聯(lián)生物研究所
閱讀：268發(fā)布時(shí)間：2012-9-10
現(xiàn)今基因組學(xué)研究中不少青年學(xué)者都是來自計(jì)算生物學(xué)領(lǐng)域，來自IBM的Gustavo Stolovitzky就是其中翹楚之一，一期Nature Methods就以其為對象，進(jìn)行了人物特寫報(bào)道。這位學(xué)者在基因組數(shù)據(jù)處理，尋找調(diào)控細(xì)胞行為環(huán)路方面進(jìn)行著精細(xì)的搜尋，其運(yùn)算方法有助于找到一個(gè)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的各個(gè)元件。
Stolovitzky不知道系統(tǒng)生物學(xué)是否能通過CASP大會(huì)來完善，這是一個(gè)主要目標(biāo)為對當(dāng)前在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測領(lǐng)域的“能為”和“不能為”作一深入且客觀評價(jià)的評估大會(huì)，這個(gè)會(huì)議一年兩屆，參與者們對一組即將公開的結(jié)構(gòu)進(jìn)行盡可能多的預(yù)測，這是真正的“pre-dictions”，而非對已知結(jié)構(gòu)的“post-dictions”。在會(huì)議上，Stolovitzky與其他科學(xué)家們建立了一個(gè)項(xiàng)目： Dialogue on Reverse Engineering Assessment and Methods（DREAM），這個(gè)挑戰(zhàn)于2007年設(shè)置。
在2008的 DREAM2結(jié)果匯總時(shí)，Stolovitzky開始思索如果將這些通過多個(gè)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)參考方法得到的預(yù)測集合在一起，會(huì)怎么樣，他認(rèn)為，zui有可能，“非*預(yù)測會(huì)降低*預(yù)測等級(jí)”，但是將這個(gè)想法進(jìn)行初步嘗試后，Stolovitzky發(fā)現(xiàn)這種集合方法實(shí)際上能獲得的獨(dú)立預(yù)測，“這就像是一加一大于二”。
由此經(jīng)過幾年的積累，今年Stolovitzky與他的同事發(fā)表了題為“Wisdom of crowds for robust gene network inference”的文章，提出集體智慧促進(jìn)基因網(wǎng)絡(luò)的發(fā)展。Stolovitzky說，單獨(dú)進(jìn)行評估的上海，不同方法的優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)就能匯集起來，促進(jìn)數(shù)據(jù)的解析。
Gustavo Stolovitzky曾單純依靠公共數(shù)據(jù)庫當(dāng)中的資源開發(fā)了一套算法，使用這種軟件就能自動(dòng)識(shí)別出與肺癌、慢性阻塞性肺?。╟hronic obstructive pulmonary disease, COPD）和銀屑?。╬soriasis）等多種疾病相關(guān)的基因信號(hào)。這套軟件不僅能夠分辨COPD和肺癌，而且還能夠區(qū)分鱗狀細(xì)胞癌（squamous-cell carcinoma）和腺癌（adenocarcinoma）。據(jù)Stolovitzky介紹，在現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫中還有大量的數(shù)據(jù)可供我們這套軟件進(jìn)行分析，看看它還能不能預(yù)測（識(shí)別）出其它的疾病。
參加者越多，結(jié)果會(huì)更好，他說，“更多不同的想法，如果各自對一半，那么就能促進(jìn)預(yù)測。”
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