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上海瑞齊生物科技有限公司

科學(xué)家發(fā)現(xiàn)與肺癌相關(guān)的基因突變

時(shí)間:2010-9-15閱讀:417
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來(lái)自Genetech公司(已被羅氏制藥收購(gòu))生物信息學(xué)與計(jì)算機(jī)生物學(xué)部,以及 Complete Genomics公司等處的研究人員通過(guò)比對(duì)肺部腫瘤和正常組織中的基因序列,發(fā)現(xiàn)了多個(gè)與肺癌相關(guān)的基因突變,這些癌基因的發(fā)現(xiàn)對(duì)于未來(lái)研究肺癌靶向治療,以及基因突變具有重要的意義。這一研究成果公布在《自然》(Nature)雜志上。

  文章的通訊作者是Genetech公司的張澤民(Zemin Zhang,音譯)博士,其早年畢業(yè)于南開(kāi)大學(xué),之后獲得賓夕法尼亞州立大學(xué)博士學(xué)位,主要研究興趣是癌癥基因組學(xué),其研究組利用計(jì)算機(jī)方法嘗試預(yù)測(cè)疾病基因突變。

  每年由于吸煙導(dǎo)致肺癌的病例數(shù)不勝數(shù),在工業(yè)發(fā)達(dá)國(guó)家如美國(guó)等,肺癌的發(fā)病率占常見(jiàn)癌癥的*,為*位癌癥死亡原因。煙草中的致癌物如3,4-苯并芘、煙焦油等的致癌作用是一致*的。

  2010年1月,英國(guó)劍橋大學(xué)韋爾科姆基金會(huì)桑格學(xué)院的研究人員利用大規(guī)模高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)小細(xì)胞肺癌細(xì)胞系:NCI-H209進(jìn)行了測(cè)序分析,發(fā)現(xiàn)了與吸煙有關(guān)的突變。他們發(fā)現(xiàn)了22910個(gè)候選因子,其中還包括了134個(gè)編碼外顯子。

  而的這項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn)了超過(guò)5萬(wàn)個(gè)基因點(diǎn)突變,其中530個(gè)得到確認(rèn),它們當(dāng)中392個(gè)在編碼區(qū)域,包括以前已知的變異,如KRAS“原致癌基 因”突變和放大。這些數(shù)據(jù)表明,遺傳上復(fù)雜的腫瘤可能包含很多部分冗余的突變,而且要識(shí)別復(fù)發(fā)性致癌“驅(qū)動(dòng)突變”(driver mutation),將需要對(duì)很多尚未測(cè)序的樣本進(jìn)行測(cè)序。

  完整基因組測(cè)序?yàn)榘ǚ伟┰趦?nèi)的若干種癌癥類(lèi)型的突變譜提供了線索。在這篇文章中,研究人員從全基因組范圍內(nèi)來(lái)觀察突變差異,他們對(duì)一名煙齡超 過(guò)15年,平均每天吸煙25根的原發(fā)性肺部腫瘤患者進(jìn)行分析,將這名患者的癌細(xì)胞和相鄰正常組織的完整序列進(jìn)行了比較。發(fā)現(xiàn)了多達(dá)5萬(wàn)個(gè)基因突變,這一數(shù) 目非常龐大,過(guò)去從未有研究發(fā)現(xiàn)如此多的基因突變。

  研究人員認(rèn)為這可能和患者的煙齡有關(guān),通過(guò)這一患者吸煙的數(shù)量和基因突變的比例來(lái)看,籠統(tǒng)來(lái)說(shuō)就是每吸三根煙即可能產(chǎn)生一個(gè)基因突變。當(dāng)然具體 的情況更為復(fù)雜,但是研究人員也指出,雖然人體的DNA修復(fù)機(jī)制能部分修復(fù)由于吸煙帶來(lái)的傷害,但是吸煙時(shí)間越長(zhǎng),這種機(jī)制功能就越差。

  除此之外,研究人員還在這5萬(wàn)個(gè)基因中找到了392個(gè)在編碼區(qū)域的突變,包括以前已知的變異,如KRAS原致癌基因突變和放大。這些數(shù)據(jù)表明,遺傳上復(fù)雜的腫瘤可能包含很多部分冗余的突變。
 

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