微量蛋白質(zhì)組學(xué)分析
在過去十年,蛋白質(zhì)組學(xué)有了很大的發(fā)展。隨著更高靈敏度、更高分辨率質(zhì)譜儀的開發(fā),蛋白的抽提、純化和鑒定有了突飛猛進(jìn)。此外,比較和定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)也在不斷成熟,不再局限于利用基因組學(xué)技術(shù)評(píng)估基因表達(dá)的差異。
然而,與基因組不同,某一生物體的所有細(xì)胞都是相似的,而蛋白質(zhì)組卻在不同細(xì)胞中差異很大。而且,對(duì)于蛋白質(zhì),還沒有類似PCR的擴(kuò)增機(jī)制被開發(fā)出。因此,科學(xué)家們也在不斷地開發(fā)方法,從極少量的樣品中抽提、分離并檢測蛋白。
在這一期的《冷泉港實(shí)驗(yàn)方案》(Cold Spring Harbor Protocols)上,杜克大學(xué)的Erich Jarvis及其同事介紹了一種微量蛋白質(zhì)組學(xué)(microproteomics)的方法,對(duì)激光捕獲的少量細(xì)胞進(jìn)行定量蛋白質(zhì)組圖譜分析。
過去,蛋白質(zhì)組學(xué)的研究對(duì)象一般是數(shù)萬個(gè)細(xì)胞,而Jarvis的這種方法能夠?qū)Φ椭?/span>1000個(gè)細(xì)胞進(jìn)行分析。他們利用納米級(jí)的液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜(nano-LC-MS/MS),能同時(shí)鑒定并定量少量組織樣品中的數(shù)百個(gè)蛋白。將LCM切割的組織進(jìn)行蛋白抽提、還原、烷基化和消化,接著注射到nano-LC-MS/MS系統(tǒng)進(jìn)行色譜分離和蛋白鑒定。
此方法包含多個(gè)步驟,包括通過LCM進(jìn)行組織分離、蛋白抽提和消化、蛋白定量、蛋白鑒定和生物學(xué)驗(yàn)證
(圖片來自原文)
研究人員使用這種方法,篩選了來自鳴禽的兩類腦干運(yùn)動(dòng)核的蛋白質(zhì)組學(xué)差異。他們利用納米級(jí)毛細(xì)管LC/MS/MS對(duì)肽段消化物進(jìn)行了分析。分析類型的選擇也有很大差異,這取決于已有的硬件和分析工具。他們建議使用高分辨率、高質(zhì)量準(zhǔn)確性的質(zhì)譜儀,如四級(jí)桿或Orbitrap儀器。這些系統(tǒng)能產(chǎn)生高度靈敏的分析,蛋白假陽性率低,并實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確的樣品間定量。
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