微量蛋白質(zhì)組學(xué)分析
在過去十年，蛋白質(zhì)組學(xué)有了很大的發(fā)展。隨著更高靈敏度、更高分辨率質(zhì)譜儀的開發(fā)，蛋白的抽提、純化和鑒定有了突飛猛進。此外，比較和定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)也在不斷成熟，不再局限于利用基因組學(xué)技術(shù)評估基因表達的差異。
然而，與基因組不同，某一生物體的所有細胞都是相似的，而蛋白質(zhì)組卻在不同細胞中差異很大。而且，對于蛋白質(zhì)，還沒有類似PCR的擴增機制被開發(fā)出。因此，科學(xué)家們也在不斷地開發(fā)方法，從極少量的樣品中抽提、分離并檢測蛋白。
在這一期的《冷泉港實驗方案》(Cold Spring Harbor Protocols)上，杜克大學(xué)的Erich Jarvis及其同事介紹了一種微量蛋白質(zhì)組學(xué)(microproteomics)的方法，對激光捕獲的少量細胞進行定量蛋白質(zhì)組圖譜分析。
過去，蛋白質(zhì)組學(xué)的研究對象一般是數(shù)萬個細胞，而Jarvis的這種方法能夠?qū)Φ椭?/span>1000個細胞進行分析。他們利用納米級的液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜(nano-LC-MS/MS)，能同時鑒定并定量少量組織樣品中的數(shù)百個蛋白。將LCM切割的組織進行蛋白抽提、還原、烷基化和消化，接著注射到nano-LC-MS/MS系統(tǒng)進行色譜分離和蛋白鑒定。
此方法包含多個步驟，包括通過LCM進行組織分離、蛋白抽提和消化、蛋白定量、蛋白鑒定和生物學(xué)驗證
(圖片來自原文)
研究人員使用這種方法，篩選了來自鳴禽的兩類腦干運動核的蛋白質(zhì)組學(xué)差異。他們利用納米級毛細管LC/MS/MS對肽段消化物進行了分析。分析類型的選擇也有很大差異，這取決于已有的硬件和分析工具。他們建議使用高分辨率、高質(zhì)量準確性的質(zhì)譜儀，如四級桿或Orbitrap儀器。這些系統(tǒng)能產(chǎn)生高度靈敏的分析，蛋白假陽性率低，并實現(xiàn)準確的樣品間定量。
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