“跳躍基因”（jumping genes）一詞指的是基因編碼的物理交換過(guò)程中基因信息在物種間的交換。人類(lèi)也不可避免的受到一些疾病基因編碼的侵襲，在人類(lèi)漫長(zhǎng)的進(jìn)化歷史中始終伴隨著某些疾病所帶來(lái)的危害，比如癌癥。
逆轉(zhuǎn)錄病毒感染在動(dòng)物的進(jìn)化歷史長(zhǎng)河中已經(jīng)存在了上百萬(wàn)年。在有些情況下，寄生的基因會(huì)融入到宿主的種系中，這就是內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒。你可以把其理解為保存在基因中的“化石”，人類(lèi)基因中高達(dá)8%是由這些“化石”所組成。在經(jīng)過(guò)數(shù)百萬(wàn)年的基因變化，大部分內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒是保持休眠狀態(tài)；但有些仍然會(huì)發(fā)揮其基因編碼的作用，它們的作用有好有壞，有些能調(diào)節(jié)宿主的免疫 反應(yīng)，有些則會(huì)促使疾病的發(fā)生，如多發(fā)性硬化和某些類(lèi)型的癌癥。但在目前，年代超過(guò)2.5億年前的逆轉(zhuǎn)錄病毒序列不能在今天的基因組中被發(fā)現(xiàn)。文章作者比較了兩種計(jì)算方法：基本的系統(tǒng)發(fā)育方法（basic phylogenetic method）和需要密集計(jì)算的蒙特卡羅馬爾科夫鏈（Monte Carlo Markov Chain，MCMC）方法，研究者發(fā)現(xiàn)這兩種方法對(duì)于小于4000萬(wàn)年的內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄基因的預(yù)測(cè)都比較相近。而大于4000萬(wàn)年的結(jié)果則出現(xiàn)了明顯分 歧，年代久遠(yuǎn)，分歧越大。 兩種方法各有優(yōu)劣，當(dāng)數(shù)據(jù)量大的時(shí)候MCMC方法的計(jì)算會(huì)非常耗時(shí)。對(duì)于全基因組研究來(lái)說(shuō)，在保證計(jì)算可行性和準(zhǔn)確性的時(shí)候，簡(jiǎn)單的系統(tǒng)發(fā)育方法則是一個(gè)較好的選擇。
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