詳情請(qǐng)看：家禽馴化過(guò)程中的母系遺傳
從供應(yīng)肉蛋到斗雞娛樂(lè)，家雞在人類生產(chǎn)生活中扮演著重要的角色。在馴化之后，家雞隨人類擴(kuò)散到世界各地，成為飼養(yǎng)的家禽。關(guān)于家雞的馴化問(wèn)題，自達(dá)爾文時(shí)代以來(lái)就一直廣受學(xué)術(shù)界關(guān)注。一系列工作表明，家雞的主要野生祖先是紅原雞。為探討家雞的馴化歷史，中科院院士張亞平領(lǐng)導(dǎo)的研究組基于母系遺傳的視角，對(duì)收集到的家雞和紅原雞樣本的線粒體DNA（mtDNA）控制區(qū)片段進(jìn)行了分析。結(jié)果顯示，家雞mtDNA的不同支系可能起源于包括南亞、東南亞以及中國(guó)南部在內(nèi)的廣大區(qū)域，可能涉及多次馴化事件.

由于控制區(qū)突變速率較高，由此引發(fā)的頻發(fā)突變（recurrent mutation）會(huì)干擾家雞mtDNA系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的構(gòu)建。同時(shí)，控制區(qū)片段相對(duì)有限的遺傳信息不足以揭示家雞馴化的更多歷史細(xì)節(jié)。張亞平院士研究組隨后關(guān)于家豬（Wu et al. 2007. Genome Biol）和家犬（Pang et al. 2009. Mol Biol Evol）的工作表明，基于線粒體全基因組的系統(tǒng)發(fā)育分析可以較好地解決控制區(qū)的不足。

源于類似的思路，該研究組繼續(xù)與國(guó)內(nèi)外的研究者展開合作。通過(guò)對(duì)東亞、東南亞以及南亞的家雞和紅原雞樣本控制區(qū)片段的初步分析，苗永旺和彭旻晟等研究人員選取50份代表樣本進(jìn)行了線粒體全基因組測(cè)定，構(gòu)建了mtDNA系統(tǒng)發(fā)育樹并對(duì)單倍型類群進(jìn)行了界定。研究結(jié)果顯示，家雞和紅原雞共享單倍型類群A-G；相關(guān)家雞和紅原雞的世系在系統(tǒng)發(fā)育樹中也沒(méi)有體現(xiàn)出明顯的分離。這提示家雞和紅原雞之間可能存在持續(xù)雜交，或是家雞的馴化時(shí)間較短?；谙到y(tǒng)發(fā)育樹，研究人員對(duì)包括已發(fā)表數(shù)據(jù)在內(nèi)的近5000條控制區(qū)序列進(jìn)行了重新分析，從而揭示出分別發(fā)生在南亞和中國(guó)西南（及其鄰近東南亞地區(qū)）的局部馴化事件。此外，對(duì)單倍型類群D的分析表明，在南島語(yǔ)系人群移居太平洋島嶼的過(guò)程中所攜帶的家雞主要是來(lái)自東南亞地區(qū)。

該工作為今后的家雞研究工作提供了較為清晰的母系遺傳背景信息。