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用于 Ion Torrent™ 系統(tǒng)的 Ridom™ SeqSphere+ 軟件（學(xué)術(shù)/政府）

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產(chǎn)品型號Ion Torrent

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更新時(shí)間：2023-04-02 15:07:24瀏覽次數(shù)：185次

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產(chǎn)品簡介

用于 Ion Torrent™ 系統(tǒng)的 Ridom™ SeqSphere+ 軟件（學(xué)術(shù)/政府）

詳細(xì)介紹

Ridom 的 SeqSphere+ 軟件可自動(dòng)處理和分析獲取自 Ion Torrent™ 系統(tǒng)的微生物序列數(shù)據(jù)。SeqSphere+ 軟件支持全基因組微生物分型 (MLST+) 或傳統(tǒng) MLST 測序項(xiàng)目。此軟件可幫助單獨(dú)實(shí)驗(yàn)室和分散的工作組（客戶端/服務(wù)器模式）輕松分享數(shù)據(jù)。許可證選項(xiàng)有 1、3 或 5 年；2 或 5 個(gè)席位以及商業(yè)或?qū)W術(shù)/政府實(shí)驗(yàn)室。

Ridom SeqSphere+ 軟件特點(diǎn)：

?用戶友好：無需腳本技巧或生物信息學(xué)家

?高度自動(dòng)化工作流程：下載預(yù)設(shè)計(jì)任務(wù)模板或創(chuàng)建定制模板，然后將其應(yīng)用于數(shù)百種菌株的分析，幾乎無需用戶干預(yù)。

?單一、擴(kuò)展命名服務(wù)：、的命名服務(wù)，支持“分子分型世界語"

?DNA 重新測序編輯器：編輯和分析 Ion Torrent™ 數(shù)據(jù)（例如 MLST、MLST+）的參比映射組裝，可自動(dòng)校正均聚物相關(guān)插入/刪除錯(cuò)誤。

?Sanger 數(shù)據(jù)：組裝、編輯和分析 Sanger CE 測序數(shù)據(jù)（例如 MLST）。

?分析工具：從流行病學(xué)、進(jìn)化或功能分析的對照表中選擇數(shù)據(jù)條目。使用極小生成樹或 UPGMA/鄰接樹對數(shù)據(jù)條目進(jìn)行聚類和可視化。

?數(shù)據(jù)庫：
--從存儲(chǔ)在集成數(shù)據(jù)庫中的流行病學(xué)和 DNA 序列數(shù)據(jù)中存儲(chǔ)、搜索、檢索、導(dǎo)出和創(chuàng)建報(bào)告。根據(jù)存儲(chǔ)的數(shù)據(jù)搜索新序列條目。
--數(shù)據(jù)字段符合 NCBI BioSample 的元數(shù)據(jù)要求。支持?jǐn)?shù)據(jù)條目合理性檢查。

?細(xì)菌分型：使用公共或自定義的查詢庫和任務(wù)模板，通過用戶自定義的質(zhì)量參數(shù)（例如，覆蓋率、終止密碼子）自動(dòng)進(jìn)行細(xì)菌分型。

?Ridom 社區(qū)：
--快速且易于與其他機(jī)構(gòu)分享任務(wù)模板，或從任務(wù)模板“存儲(chǔ)"中在線下載這些模板。
--可選擇為命名和流行病學(xué)數(shù)據(jù)的單一、、擴(kuò)展、公共可用數(shù)據(jù)庫作出貢獻(xiàn)。大型（上述）國家機(jī)構(gòu)可根據(jù)要求獲取其自身的流行病學(xué)數(shù)據(jù)服務(wù)器。

?安全：
--傳輸中的數(shù)據(jù)加密 (SSL)
--多種可配置的用戶角色、用戶組和訪問控制
--審計(jì)跟蹤功能（人員、時(shí)間和定義）

計(jì)算機(jī)規(guī)格（下限）

客戶端計(jì)算機(jī) OS：Windows™ 7 64-bit，CPU：Core i5，RAM：8 GB，HD：500 GB，使用公共 Ridom MLST+ 命名服務(wù)器 & 任務(wù)模板“儲(chǔ)存"需要 Internet 連接（支持使用專用和本地命名法并生成自定義任務(wù)）。

服務(wù)器計(jì)算機(jī)操作系統(tǒng)：Windows™ 7/Linux 64-bit（推薦 Ubuntu LTS），CPU：Core i5，RAM：8 GB（如果在本服務(wù)器上完成了 MIRA 從頭組裝，則建議使用 48 GB），HD：2 TB（建議使用 RAID 級別 1 或 5），建議不要將 NGS 計(jì)算機(jī)用作服務(wù)器。

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.