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江蘇菲亞生物科技有限公司

生物實(shí)驗(yàn)中常見(jiàn)問(wèn)題及解答

時(shí)間:2017-5-11閱讀:502
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1.如何測(cè)定引物的OD值? 
用紫外分光光度計(jì)在260nm波長(zhǎng)測(cè)定溶液的吸光度來(lái)定量,請(qǐng)注意紫外分光光度計(jì)的使用,測(cè)定時(shí)溶液的吸光度稀釋到0.2-0.8之間(吸光度太高或太低會(huì)有較大的誤差)。DNA干粉用一定體積的水充分振蕩溶解以后,取部分溶液稀釋到1ml并在1ml標(biāo)準(zhǔn)比色皿中測(cè)定其吸光度,即為所測(cè)體積的OD值,進(jìn)而可以計(jì)算出母液的OD值。 
舉例:您拿到一管干粉的DNA,用1ml水溶解成母液,取該母液50μL稀釋成1ml并在1ml標(biāo)準(zhǔn)比色杯中測(cè)定的吸光度為0.25,說(shuō)明該50μL中含有0.25ODDNA,也即說(shuō)明原來(lái)1ml母液中含有5ODDNA。

2.怎樣溶解引物? 
我們的的合成報(bào)告單給出了每OD引物稀釋為100μmoL/L(即100pmol/ul)濃度的加水量,您可以根椐您的實(shí)驗(yàn)需要加入適量的無(wú)核酸酶的雙蒸水(PH>6.0)或TE緩沖液(PH 7.5-8.0),開(kāi)啟瓶蓋溶解之前在3000-4000轉(zhuǎn)/分鐘 的轉(zhuǎn)速下離心1分鐘,防止開(kāi)蓋時(shí)引物散失。

3.合成的引物應(yīng)如何保存?
沒(méi)有溶解的引物非常穩(wěn)定,可以在-20℃下保存至少1年,溶解好的引物可以事先稀釋為100μmoL/L的儲(chǔ)存液,分裝數(shù)份保存于-20℃冰箱,可以保存至少半年以上(反復(fù)多次凍融會(huì)降低使用壽命)。使用前,將濃溶液稀釋成工作液(10 pmol/ml20 pmol/ml)后進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。

4.如何檢測(cè)引物的純度? 
實(shí)驗(yàn)室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的一定濃度的聚丙烯酰胺凝膠進(jìn)行電泳,<12個(gè)堿基的引物用20%的膠,12-60個(gè)堿基的引物用16%的膠,>60個(gè)堿基的引物用12%的膠,取0.2OD左右的引物,用尿素飽和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到飽和,上樣前加熱變性(95oC,2mins)。加入尿素的目的一是變性,二是增加樣品比重,容易加樣。600V電壓進(jìn)行電泳,一定時(shí)間后(約2-3小時(shí)),剝膠,用熒光TLC板在紫外燈下檢測(cè)帶型,在主帶之下沒(méi)有雜帶,說(shuō)明純度是好的(有時(shí)由于變性不充分,主帶之上可能會(huì)有條帶,乃是引物二級(jí)結(jié)構(gòu)條帶)。

5.一般的合成的引物在5'3'末端有磷酸基團(tuán)嗎?
沒(méi)有,5'3'末端均為-OH基。如需要加磷酸基團(tuán),訂貨時(shí)請(qǐng)?zhí)貏e注明,此時(shí)需收取磷酸化的費(fèi)用。

6.合成的引物進(jìn)行PCR反應(yīng)時(shí)無(wú)目的帶,怎么辦?
PCR反應(yīng)失敗的原因很多,可以從以下幾個(gè)方面考慮。 
1 引物和模板是否配對(duì),同源性有多大?
2 引物本身是否有立體結(jié)構(gòu).
3 PCR反應(yīng)用試劑是否能正常工作?
4 PCR儀是否工作正常?
5 PCR反應(yīng)條件是否合適?
如果一切正常,還無(wú)法解決問(wèn)題時(shí),我們可以免費(fèi)重新合成引物。

7.測(cè)定了引物的OD值后發(fā)現(xiàn)A260/A280<1.8,引物的純度合格嗎?
由于核酸在260nm附近有強(qiáng)吸收,而蛋白質(zhì)280nm附近有強(qiáng)吸收,從生物體內(nèi)提取核酸時(shí),常用A260/A280比值來(lái)評(píng)價(jià)核酸純度(比值在1.82.0之間),這一判斷是基于序列中AG、C、T所占比例大致相同時(shí)的結(jié)果。而合成的DNA/RNA則不同,序列很短 (通常在2030個(gè)堿基之間),其中AG、C、T各種堿基所占比例很不相同,由于各種堿基的摩爾消光系數(shù)不同,因此不同堿基構(gòu)成的引物的A260/A280比值也不同, 例如當(dāng)序列中C、T堿基的含量高時(shí),該比值會(huì)大大低于1.8。所以不能用A260/A280的比值來(lái)判斷引物的純度.

8.PCR產(chǎn)物經(jīng)過(guò)克隆以后測(cè)序發(fā)現(xiàn)引物區(qū)與合成序列不相符合,怎么辦? 
我們認(rèn)為這多數(shù)是PCR過(guò)程和克隆過(guò)程中引入的錯(cuò)誤。遇到這種情況,請(qǐng)您: 
1 可以要求我們重新免費(fèi)合成引物。 
2 重新挑取克隆測(cè)序,會(huì)有找到正確克隆的可能.

9.如何將兩條互補(bǔ)的單鏈退火形成雙鏈? 
用退火緩沖液(10mM Tris, pH 7.5 - 8.0, 50mM NaCl, 1mM EDTA)溶解引物, 將要退火的引物等摩爾數(shù)混合,總體積不要超過(guò)500微升,加熱到95 2mins,然后緩慢冷卻至室溫(低于30度)即可。退火的產(chǎn)物可以放在4度待用。

10.使用3%Agarose凝膠電泳分析合成的引物,發(fā)現(xiàn)有很多條泳帶,為什么?
對(duì)引物進(jìn)行電泳一定要使用變性PAGE電泳。由于引物是單鏈DNA,容易形成復(fù)雜的立體結(jié)構(gòu),因此進(jìn)行Agarose電泳時(shí),容易出現(xiàn)多條泳帶,更無(wú)法用Agarose電泳進(jìn)行定量了。

11.能否根據(jù)引物電泳后EB染色后條帶的亮度對(duì)合成的引物進(jìn)行定量?
不能。因?yàn)?/span>EB是通過(guò)嵌入到核酸的雙螺旋間而使其著色的。合成的DNA分子為單鏈,只有通過(guò)自身回折形成局部發(fā)夾環(huán)結(jié)構(gòu)或鏈間形成部分雙螺旋結(jié)構(gòu),才能被EB染色。由于不同引物的序列不同,形成雙螺旋的能力不同,因此染色能力不盡相同,也就不能根據(jù)EB染色帶的亮度來(lái)對(duì)合成的DNA進(jìn)行定量。

12.2OD的引物可以多少做次PCR反應(yīng)? 
一般來(lái)講,20個(gè)堿基左右的2OD的引物zui少可以做400PCR反應(yīng)。

13. DNA合成粗產(chǎn)物中含有什么雜質(zhì)? 
DNA合成儀合成的粗產(chǎn)物,其中除了含有所需的目的DNA片段以外,還含有合成反應(yīng)過(guò)程中產(chǎn)生的目的片段短的失敗片段以及脫保護(hù)基團(tuán)產(chǎn)生的銨鹽,本公司提供的引物已全部通過(guò)純化去除短片段、通過(guò)脫鹽去除鹽分。

14.引物在常溫下運(yùn)輸,會(huì)降解嗎? 
不會(huì)降解,干燥的引物在常溫至少可以穩(wěn)定存放二周以上。而一般的運(yùn)輸時(shí)間通常都在1-3天,所以您收到的引物不會(huì)降解。

15.為何長(zhǎng)鏈引物的收費(fèi)要比短鏈引物要高? 
通常在合成長(zhǎng)鏈引物時(shí),試劑的加入量要比短鏈引物要多很多,尤其是大于90bp的堿基以上的引物,由于成本的增加,從而導(dǎo)致價(jià)格也要高一些。 
 

 

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