厭氧反應(yīng)器中有時(shí)會(huì)產(chǎn)生大量泡沫，泡沫呈半液半固狀，嚴(yán)重時(shí)可充滿氣相空間并帶入沼氣管道，導(dǎo)致沼氣系統(tǒng)的運(yùn)行困難。
產(chǎn)生泡沫的主要原因是厭氧系統(tǒng)運(yùn)行不穩(wěn)定，因?yàn)榕菽饕怯捎贑O2產(chǎn)量太大形成的，當(dāng)反應(yīng)器內(nèi)溫度波動(dòng)或負(fù)荷發(fā)生突變等情況發(fā)生時(shí)，均可導(dǎo)致系統(tǒng)運(yùn)行的不穩(wěn)定和CO2的產(chǎn)量增加，進(jìn)而導(dǎo)致泡沫的產(chǎn)生。如果將運(yùn)行不穩(wěn)定因素及時(shí)排除，泡沫現(xiàn)象一般也會(huì)隨之消失。在厭氧污泥培養(yǎng)初期，由于CO2產(chǎn)量大而甲烷產(chǎn)量少，也會(huì)出現(xiàn)泡沫，隨著甲烷菌的培養(yǎng)成熟，CO2產(chǎn)量減少，泡沫一般也會(huì)逐漸消失。進(jìn)水中含有蛋白質(zhì)是產(chǎn)生泡沫的一個(gè)原因，而微生物本身新陳代謝過程中產(chǎn)生的一些中間產(chǎn)物也會(huì)降低水的表面張力而生成氣泡。厭氧生物處理過程中大量產(chǎn)氣會(huì)產(chǎn)生類似好氧處理的曝氣作用而形成氣泡問題，負(fù)荷突然升高所帶來的產(chǎn)氣量突然增加也可能出現(xiàn)泡沫問題。
碳酸鈣（CaCO3）沉淀：處理廢水鈣含量高或利用石灰補(bǔ)充堿度，都會(huì)增加產(chǎn)生碳酸鈣沉淀的可能性。高濃度的碳酸氫鹽和磷酸鹽都有利于鈣的沉淀。
鳥糞石（MgNH4PO4）沉淀：進(jìn)水中含有較高濃度的溶解性正磷酸鹽、氨氮和 鎂離子時(shí)，就會(huì)生成鳥糞石沉淀。厭氧處理系統(tǒng)鳥糞石沉淀主要在管道彎頭、水泵入口和二沉池進(jìn)出口等處出現(xiàn)。