一全自動次氯酸鈉發(fā)生器的主要作用方式是通過其水解生成次氯酸，再進一步分解生成新生態(tài)氧，其強氧化使菌體和上部蛋白質(zhì)等物質(zhì)變性，從而導(dǎo)致病源微生物死亡。實際上，氯消毒的原理也主要是以產(chǎn)生次氯酸，然后釋放出新的生態(tài)氧的方式來進行。
通過化學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)PPM次氯酸鈉在水中幾乎*水解為次氯酸，其效率高達99.99%。它的程序可用化學(xué)方程簡單表示如下：
naClO+h2O=hlo+naOH
hclo→hcl+[O]
次氯酸在消毒、殺毒過程中，不僅作用于細胞壁、外殼，而且由于次氯酸分子較小，不帶電荷，還能滲透到細菌體內(nèi)，與細菌的蛋白質(zhì)、核酸、和酶等有機大分子發(fā)生氧化反應(yīng)，導(dǎo)致病原微生物死亡。
R+HClO→R2NCl+H2O。
與此同時，次氯酸產(chǎn)生的氯離子可以明顯改變細菌和體內(nèi)的滲透壓，使細胞失去活力。
另外，次氯酸鈉還能分解殘留在蔬菜、水果和其他農(nóng)副產(chǎn)品上的微量藥。大多數(shù)殺蟲劑是由有機物質(zhì)組成的，而次氯酸鈉釋放出的新態(tài)氧可以將這些物質(zhì)氧化分解。對現(xiàn)代農(nóng)業(yè)、果蔬包裝業(yè)的發(fā)展無疑具有重要的促進作用。

還可以肯定的是，由于全自動次氯酸鈉發(fā)生器產(chǎn)生的消毒劑不像氯、二氧化氯等消毒劑在水中產(chǎn)生游離氯，因此一般很難形成由于游離氯的存在而產(chǎn)生的對人體有害的致癌物質(zhì)；也不像臭氧那樣，只要空氣中存在微弱的量(0.001mg/m3)，就會對生命造成傷害和毒害；而且，還不像氯與水反應(yīng)會形成鹽酸那樣，對金屬管道造成嚴重腐蝕。