1． 蛋白質(zhì)的濃度：
　　中性鹽沉淀蛋白質(zhì)時，溶液中蛋白質(zhì)的實際濃度對分離的效果有較大的影響。通常高濃度的蛋白質(zhì)用稍低的硫酸銨飽和度即可將其沉淀下來，但若蛋白質(zhì)濃度過高，則易產(chǎn)生各種蛋白質(zhì)的共沉淀作用，除雜蛋白的效果會明顯下降。對低濃度的蛋白質(zhì)，要使用更大的硫酸銨飽和度，但共沉淀作用小，分離純化效果較好，但回收率會降低。通常認(rèn)為比較適中的蛋白質(zhì)濃度是2.5％～3.0％，相當(dāng)于25 mg/mL～30mg/mL。
2． 離子強(qiáng)度:
      各種蛋白質(zhì)的沉淀要求不同的離子強(qiáng)度。
3． 鹽的性質(zhì)：
      zui有效的鹽是多電荷陰離子。
4． PH值：
　　一般說來，蛋白質(zhì)所帶凈電荷越多，它的溶解度就越大。改變pH值可改變蛋白質(zhì)的帶電性質(zhì)，因而就改變了蛋白質(zhì)的溶解度。遠(yuǎn)離等電點處溶解度大，在等電點處溶解度小，因此用中性鹽沉淀蛋白質(zhì)時，pH值常選在該蛋白質(zhì)的等電點附近。
5． 溫度：
　　除對溫度敏感的蛋白質(zhì)在低溫（4度）操作外，一般可在室溫中進(jìn)行。一般溫度低蛋白質(zhì)溶介度降低。但有的蛋白質(zhì)（如血紅蛋白、肌紅蛋白、清蛋白）在較高的溫度（25度）比0度時溶解度低，更容易鹽析。
6． 蛋白質(zhì)沉淀后宜在4℃放3小時以上或過夜，以形成較大沉淀而易于分離。鹽析時，分子量較小的蛋白質(zhì)逐步沉淀下來可能就值得懷疑。具體的蛋白需要具體的摸索，當(dāng)然，對肽來說，結(jié)論也是一樣的。