多種實驗結(jié)果已證實，該技術(shù)具有很高的敏感性，但是如掌握不好也可帶來很高的背景染色，可有多種因素影響到zui終產(chǎn)物在酶結(jié)合位點的沉積，這是因為這個沉積過程是一種復(fù)雜的化學(xué)反應(yīng)和物理變化的綜合結(jié)果。Breininger等（2000）認(rèn)為，在ELF的反應(yīng)過程中很容易形成假的熒光結(jié)晶，使FISH信號減弱，引起非特異性結(jié)晶沉積在組織細(xì)胞表面，造成背景信號。

實驗結(jié)果證實，只要延長ELF反應(yīng)時間，就可以避免背景染色。

解決的辦法主要有：
①商品化試劑盒內(nèi)提供一種延時試劑；
②在顯色液中加入4％PVP；
③顯色時間控制在15～30min內(nèi)。