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關(guān)聯(lián)研究組蛋白修飾和甲基化的新技術(shù)
DNA甲基化、染色質(zhì)修飾和DNA序列之間的復(fù)雜關(guān)系似乎很難用現(xiàn)有的技術(shù)來闡明。于是,兩個獨立的研究小組將亞硫酸氫鹽測序與染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)結(jié)合起來,直接拷問遺傳學(xué)和表觀遺傳學(xué)過程。
在這兩項研究中,澳大利亞悉尼嘉萬研究所(Garvan Institute)的Sue Clark及其同事以及荷蘭內(nèi)梅亨大學(xué)(Radboud University)的Hendrik Stunnenberg及其同事對染色質(zhì)免疫沉淀且經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理的DNA進(jìn)行測序。利用相同的DNA來評估胞嘧啶和組蛋白標(biāo)記,從而克服了不同批次細(xì)胞之間的異質(zhì)性問題,并能對標(biāo)記之間的相互作用作出更直接的評估。通過ChIP來靶定基因組的特定區(qū)域,也能避免全基因組亞硫酸氫鹽測序帶來的高額費用。
為了讓這種方法行之有效,研究小組需要優(yōu)化他們的亞硫酸氫鹽處理步驟,以便接受免疫沉淀所產(chǎn)生的少量DNA。Clark談道:“主要的改進(jìn)是讓亞硫酸氫鹽處理沒那么劇烈,并能處理75到100 ng DNA。”他們的方法很相似,并使得幾乎100%的未修飾胞嘧啶發(fā)生轉(zhuǎn)化。
兩個小組都利用這種技術(shù)研究了組蛋白H3第27位賴氨酸上*基化(H3K27me3)與DNA甲基化之間的串?dāng)_(cross-talk)。過去的研究表明,這兩種標(biāo)記在CpG島上是互相排斥的。一種理論假設(shè),DNA甲基化是一種更為*的標(biāo)記,它取代了干細(xì)胞分化期間的H3K27me3。Stunnenberg小組的研究結(jié)果證實了這種對抗,而Clark小組則認(rèn)為DNA甲基化和H3K27me3并不總是相互排斥,可以基因組區(qū)域依賴的方式共存。他們采用了不同的細(xì)胞系,這可能解釋了他們的不同結(jié)果。
據(jù)Clark 介紹,BisChiP-seq方法可與富集目標(biāo)DNA的任何方法共同使用,且結(jié)果是鏈特異的,提供了等位基因的分辨率。Clark下一步考慮研究其他組蛋白標(biāo)記及基因組結(jié)合因子,以便了解它們與DNA甲基化組的直接關(guān)系。
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